국회 세월호 침몰사고 국정조사 특별위원회 새정치민주연합 김현 의원은 “세월호 침몰사고를 참사로 만든 가장 큰 이유는 정부의 무능한 초동대응과 부처간 협업미비라 할 수 있으며, 이로 인한 정부불신은 심각한 상황이다. 재난 및 안전관리기본법과 매뉴얼의 불일치는 법개정은 재촉했지만, 매뉴얼 개정에는 소홀했던 대통령과 청와대의 책임이며, 한시라도　빨리 법에 맞는 매뉴얼의 개정을 촉구하며, 매뉴얼 개정에 소홀했던 이유가 무엇이었는지에 대한 감사원의 강력한 감사를 촉구한다”고 밝혔다. 지난 2013년 3월 6일 박근혜 대통령은 경북 구미 염소가스 누출사고 현장과 전남 진도 선박전복사고 현장으로 당시 유정복 안전행정부 장관 후보자를 급파해 사고대책에 만전을 기할 것을 지시했다. 박근혜 대통령은 진도 어선사고에 대해 “정부조직 개편안이 국회를 통과못해 국민안전과 관련한 행정이 소홀해 질 수 있는만큼 유정복 후보자가 직무수행에 최선을 다하라”고 하였으며, “정부조직법이 통과못해 전 부처에 산재해 있는 안전관련 대책을 종합적으로 만들 수 없는 상황에 많이 안타까워 했다”고 밝힌 바 있다. <2013년 3월 6일 김행 청와대 대변인 브리핑 중> 박근혜 대통령은 6일 오전 유정복 안전행정부 장관 내정자에게 전화를 걸었습니다. 그 전화에서 "구미 염소누출 사고 현장과 진도 어선 사고 현장을 직접 가서 재발 방지대책을 마련해서 보고하라" 고 지시했습니다. 또한 "박 대통령은 최근 유독성 화학물질 사고가 빈번하게 발생하고 있는 것에 대해서 깊은 우려를 표시하고 그 원인을 파악해 근본적인 예방 대책을 수립함으로써 국민의 생명과 안전을 보호 하는데 있어서 최선을 다하라"고 당부 했습니다. 박 대통령은 "정부조직 개편안이 아직 국회를 통과하지 못한 상태여서 국민안전과 관련된 행정이 소홀해질 수 있는만큼 유정복 안전행정부장관 예정자가 다른 부처 장관의 몫까지 직무 수행에 우선적으로 최선을 다할 것"을 당부했습니다. (중략) 또한 안전 관련 행정은 여러 부처에 현재 산재해 있습니다. 때문에 우선 유 내정자로 하여금 아직 임명장은 받지 못했지만 다른 부처의 안전 행정도 함께 챙기라고 한 것은 대통령께서 당선인 시절, 또 후보 시절 때부터 안전에 대해서 굉장히 관심을 갖고 있고, 그 일환으로 식품안전청을 만들었고 안전행정부의 이름을 만들 때 안전을 앞 쪽으로 뺀 것을 강조하기도 했는데 이것은 대통령의 굉장히 중요한 관심사였기 때문이기도 합니다. 또한 정부조직법을 통과하지 못함으로 인해서 사실은 전 부처에 산재해 있는 안전 관련 대책을 종합적으로 지금 만들 수 없는 현재 상황에 대해서 많이 안타까워하고 있습니다. 이처럼 행정안전부를 안전행정부로 명칭을 바꾸고 전부처에 산재한 안전관련 대책업무를 안전행정부로 일원화 한 중심에 바로 대통령이 있으며, 안전행정부에 중대본 지위를 부여한 것의 시초가 바로 박근혜 대통령으로 확인된 것이다. 유민봉 국정기획수석은 청와대 기관보고 자리에서 정부조직법만 관장했을 뿐, 재난 및 안전관리기본법은 청와대의 책임이 아니다고 했지만, 결국 이 모든 것은 대통령의 지시 하에 이뤄진 일이라는 것이 증명된 것이다. 감사원은 지난 8일 중간감사결과 발표를 통해 인력, 매뉴얼, 교육훈련 등의 재난대비태세 부실을 지적했다. 실제 재난 및 안전관리기본법과 일선에서 사용되는 재난매뉴얼은 재난컨트롤타워가 각각 상이하는 등 법안개정 이후 매뉴얼의 정비가 전혀 없었던 것이다. 법안개정에 주도적 역할과 지시를 한 청와대가 법안개정에만 신경을 썼을 뿐, 이후 후속작업에 대해서는 전혀 관리와 지도를 하지 않은 것으로 이에 대해 재난매뉴얼 개정과 관련한 청와대의 감사가 반드시 실시되어야 한다. 김현 의원은 “정권초기 정부조직법 처리를 위해 국민의 안전을 이유로 법안 개정에 열을 올렸던 대통령과 청와대는 법안에 수반되는 재난관리매뉴얼의 개정은 손을 놓고 있었으며, 그 과정에서 부처간 법과 매뉴얼의 혼선이 초래된 것”이라고 하였으며, “세월호 침몰사고를 참사로 만든 중대 원인에 대해 책임면피성 감사로는 제2, 제3의 세월호 참사를 예방할 수 없는 것이 자명한 만큼, 이 과정에 대한 감사원의 강력한 감사를 촉구하며, 전 부처는 법에 맞는 매뉴얼이 될 수 있도록 한시라도 빨리 개정해야 한다”고 밝혔다.