행정자치부 원칙을 지키면서 부작용을 해소하는 방안을 입법예고하였지만 기획재정부는 이조차 거부입장
최재성의원(기획재정위원회, 경기 남양주갑)이 기획재정부와 행정자치부의 공문수발신 기록을 살펴본 결과 기획재정부가 행정자치부의 의견에도 불구하고 업계측 건의에 치우쳐 세무조사 일원화를 강행 추진하고 있는 것으로 밝혀졌다.
정부는 2014년부터 법인지방소득세를 국세인 법인세의 부가세로 운영하던 것을 독립세로 하여 지자체가 세율 및 감면액을 자체적으로 정하고 지자체가 법인이 신고하는 과세표준에 탈루의혹이 있을 경우 세무조사를 시행할 수 있도록 하였다. 지자체의 재정난 해소를 위해 자구의 노력으로 재정을 확보할 수 있도록 과세자주권과 독립권을 보장한 것이다.
그런데 지난 8월 6일에 기획재정부는 국세청과 지자체가 특정법인에 대해 중복조사를 시행하면 납세자의 부담이 대폭 증가할 수 있다며 지자체의 세무조사권을 국세청으로 일원화하겠다고 발표하였다. 대한상의(’15.4.21), 세무사회(’15.3월) 등의 건의가 있었다고 기획재정부는 별도의 자료를 통해 밝혔다.