1. 10월 11일, 홍종학 의원(민주당)이 국세청으로부터 받은 <공공기관 세무조사 추징세액 현황>을 분석한 결과, 최근 5년간 국세청이 90개 공공기관 법인에 대해 4,941억 원을 추징한 것으로 드러났다. 이는 공공기관이 부담한 법인세의 4.6%에 해당하는 규모다. 2. 최근 5년간(2008~2012년) 공공기관 법인(5년 누적 법인수 1,350개)은 법인세로 총 10조 6,722억 원, 연평균 2조 1,344억 원을 부담했다. 공공기관 법인 1개당 연평균 약 79억 533만 원을 법인세로 낸 것이다. 2012년에는 266개 공공기관 법인이 법인세로 1조 6,017억 원을 부담했는데, 이는 2011년에 비해 4,656억 원(△22.5%)이 감소한 규모이고 2008년 대비 1조 1,070억 원(△40.9%)이나 감소한 수준이다. 3. 한편 최근 5년간 국세청이 이들 공공기관 법인 중 90개를 대상으로 세무조사를 실시한 결과 총 4,941억 원을 추징한 것으로 드러났다. 이는 공공기관이 부담한 법인세의 4.6%에 해당하는 규모다. 또 평균 추징액을 계산했을 때 법인 1개로부터 54억 9천만 원을 추징한 것으로 나타났는데, 법인 1개당 법인세 부담세액 79억 1천만 원의 69.4%에 달하는 수준이다. 4. 홍 의원은 “지난 5년간 국세청이 세무조사를 벌여 공공기관 법인에게 추징한 세액이 4,941억 원에 달하는 것으로 나타났다”며 “공공기관 법인이 세법상 부실하게 경영한 것도 문제지만, 기획재정부가 공공기관에 대한 관리를 소홀히 한 것도 원인이다”라고 지적했다. 특히 홍 의원은 “국세청에게 세무조사를 받은 공공기관 법인별 추징세액, 징수세액, 추징사유등 구체 내역을 요구했는데, 국세청은 공공기관도 개별 납세자이기 때문에 관련 정보를 공개할 수 없다며 자료제출을 거부했다”라며 “이는 명백히 잘못된 것이다”라고 비판했다. 또 홍 의원은 “더욱이 이해하기 어려운 것은 공공기관 경영평가를 책임지고 있는 기획재정부가 공공기관 법인에 대한 세무조사 전체 규모와 세부 내역을 파악조차 하지 못하고 있다는 점이다”라며 “공공기관 운영에 대한 총체적 책임을 지는 기획재정부가 공공기관 세무조사 결과를 모른다는 것은 책임을 방기하는 것과 같다”고 비판했다. 이어 홍 의원은 “공공기관에 대한 세무조사 결과는 기관 운영의 투명성과 윤리성을 판단할 좋은 근거가 될 수 있으므로, 공공기관 경영평가시 세무조사 결과 및 추징세액 규모를 직접 평가해 국민이 공공기관 경영 실태를 명확히 알 수 있게 해야 한다”고 주장했다.