특정 국가연구개발사업의 연구를 수행하는 대학지원 연구비가 일부 상위대학에 편중 지원돼 지역균형발전에 역행하는 것이 아니냐는 지적이 제기되었다. 미래창조과학부 등이 관할하는 과학기술계열 및 국방연구개발 사업 등 특정 국가연구개발사업에 대해 연구를 수행하는 상위 20개 대학들이 연구비를 거의 독식하다시피 하고 있고, 이들 상위 20개 연구수행 대학 중 40%(8개 대학)이 서울소재 대학으로 나타났다. 이같은 사실은 국회 미래창조과학방송통신위원회 무소속 강동원 의원(남원․순창)이 2013년 10월 12일(토) 미래창조과학부가 제출한 ‘2012년도 국가연구개발사업 조사∙분석 보고서’ 분석한 결과 드러났다고 밝혔다. 강동원 의원이 분석한 자료에 따르면, “국가연구개발 사업 가운데 과학기술계열 및 국방 연구개발사업을 대상으로 분석조사한 결과, 이들 연구개발사업의 연구를 수행하는 전체 대학에 지원된 수행연구비 3조 541억원 가운데 상위 20위 대학에 무려 62.7%에 해당하는 1조 9,175억원이 지원된 것으로 나타났다. 특히 이들 대학수행연구비를 지원받은 상위 20개 대학 가운데 40%에 해당하는 8개 대학이 서울소재대학이 8개 대학으로 나타났다. 더구나 이들 서울소재 8개 대학에 전체 대학수행 연구비의 약 32.9%인 1조 47억의 연구비가 지원된 것으로 드러났다. 특히, 서울대학교에 대학수행 연구비가 집중 지원된 것으로 나타났다. 한편 2012년 특정 국가개발연구사업 대학부문 상위 20개 대학을 보면, ▲1위는 서울대학교로 3218억 5천7백만원로 단연 앞섰고 ▲2위 연세대학교 1,767억 2천 6백만원, ▲3위 KAIST 1,757억 4천만원, ▲4위 포항공과대학 1,691억 4천4백만원 ▲5위 고려대학 1,377억 9천 2백만원으로 소위 SKY대학이 상위 5위안에 들어있는 것으로 나타났다. 또한 상위 20개 대학을 소재지별로 보면, 상위 20위권에 서울소재대학이 8개가 포함되어 있고, 대전엔 KAIST, 인천에 인하대학, 경기도에 아주대학, 부산에 부산대학을 비롯해 경북·전북·전남 1곳, 충남 1곳, 울산·포항 각각 1곳, 충북 1곳, 경남 1곳인 것으로 드러났다. 서울을 비롯한 수도권 과밀화,집중화 현상이 갈수록 심각해 지고 있는데 특정국가연구개발 사업마저 서울에 집중지원되고 있는 것은 수도권 과밀화를 부추길 뿐만 아니라 국가균형발전에도 역행하는 현상이라는 비판이 제기되고 잇다. 특히 서울에 소재한 특정대학에 국가연구개발사업의 대학수행 연구비중이 지나치게 많은 것으로 드러나, 가뜩이나 어려움에 처한 지방대학을 외면하는 처사가 아니냐는 지적이다. 지방대학 육성차원에서라도 정책적 배려가 이루어져야 한다는 주장이다. 강동원 의원은 “국가연구개발사업 마저 수도권, 특히 서울소재 대학에 집중지원되는 것은 문제가 있다. 심각한 수도권 집중화·과밀화 현상을 오히려 부추기고 처사다. 국가균형발전 차워에서라도 국가연구개발사업에 지방대학 참여를 늘여야 한다. 수도권의 인구집중을 억제하고 한편 지방의 인재발굴 및 육성 차원에서라 지방대학에 연구비 지원확대가 필요하다”고 지적했다.