박근혜정부가 부처 간의 협업을 지속적으로 독려해 오며 부처 간 칸막이 제거를 강조해 왔으나, 해양수산부와 한국해양과학기술원에서 국회 농림축산식품해양수산위원회 소속 새누리당 김재원 의원(경북 군위군ㆍ의성군ㆍ청송군)에게 제출한 자료에 따르면, 430억원을 들여 독도에 구축 예정인 종합해양과학기지가 해양수산부와 문화체육관광부, 문화재청 등 관련 부처 간의 칸막이로 인한 협업 부재 로 무산될 위기에 처해 있는 것으로 나타났다. 해양수산부는 실시간으로 해양․기상 모니터링으로 해양 및 기상예보 적중률 제고, 해상교통 안전 도모, 해난재해 저감 및 지구환경문제 관련 자료 수집을 위해 2009년부터 2012년까지 430억원을 들여 독도 종합해양과학기지 구축사업을 실시하였다. 해양과학기지가 2010년 8월 문화재청 문화재위원회 심의에서 가결된 후, 2011년 초 독도의 상징성을 감안하여 기지 규모를 확대하는 설계변경이 있었다. 그런데 2012년 12월에 육상구조물 제작을 완료하고 올해 해상설치를 완료하기 위해 문화재청 문화재위원회에 사업의 일부 내용 변경에 따른 재심의를 요청하자, 문화재위원회는 “독도종합해양과학기지 건설은 건설위치가 역사 문화 환경 보존지역 내 위치하여 문화재 경관을 저해할 우려가 있어 불허한다.”고 통보한 것으로 밝혀졌다. 문화재위원회가 2010년에는 “독도 해양과학기지 설치 위치가 독도와 1km 이상 떨어져 있어 독도 환경․경관에 미치는 영향이 없어 신청안대로 추진하라.”고 허가한 반면, 3년 후에는 문화재위원회 위원이 바뀌면서 똑같은 위치임에도 불구하고 설치위치를 이유로 독도 해양과학기지 설치를 부결한 것이다. 문제는 이로 인해 엄청난 제반비용이 소요된다는 것이다. 문화재위원회의 부결을 치유하기 위해서는 새로운 위치의 수심과 지반상태에 대한 정밀조사가 필요한데, 조사비용만 최소 70억원이 든다. 또한 현재 제작 완료된 구조물은 수심 50미터에 맞게 설계되어 있어, 위치를 변경하여 수심이 10미터 더 깊은 곳에 설치할 경우 100억원의 추가 비용이 발생하고, 수심이 60미터가 넘으면 구조물 안전과 설치기술 등의 이유로 구조물의 활용 자체가 불가능하다. 「이하 생략」 ※첨부파일 참조